Sosiaali- ja terveysministeriö asettaa Eläketurvakeskuksen ylimmän päättävän elimen, eli edustajiston sekä nimeää hallituksen puheenjohtajan ja varapuheenjohtajan. Edustajisto nimeää hallituksen muut 13 jäsentä.

Työeläketurvan rahoittavat työnantajat ja työntekijät yhdessä. Niinpä työmarkkinajärjestöillä on työntekijöiden ja työnantajien edustajina myös Eläketurvakeskuksen hallinnossa keskeinen rooli.

Hallitus nimittää toimitusjohtajan sekä muut johtajat, jotka ohjaavat toimintaa linjoittain toimitusjohtajan alaisuudessa.

Eläketurvakeskuksen toimitusjohtaja on Mikko Kautto. Suunnittelusta, tilastoista ja tutkimuksesta vastaa johtaja Allan Paldanius (toimitusjohtajan sijainen). Lakiasiat, ulkomaanpalvelut, vakuuttamisen valvonta ja asiakaspalvelu ovat johtaja Karoliina Kiurun vastuulla. Rekisteripalveluista ja tietohallinnosta vastaa johtaja Maarit Selin ja hallinnosta johtaja Katri Raatikainen. Viestintä on viestintäjohtaja Tuovi Rautjoen vastuulla.